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陽離子脂質(zhì)的頭部大都包含胺類基團（除一種脂質(zhì)含脒基外），從簡單的氨基到被甲基或羥乙基團取代的季銨鹽。陽離子脂質(zhì)的極性頭起著脂質(zhì)體與DNA、脂質(zhì)體-DNA復(fù)合物與細胞膜或細胞內(nèi)其它組分相互結(jié)合的作用。在陽離子膽固醇衍生物中，帶有叔胺基團的陽離子膽固醇化合物比季銨鹽化合物有更高的轉(zhuǎn)染活力，并且毒性小得多。帶有多價極性頭基團或具有多個正電荷極性頭的陽離子脂質(zhì)體轉(zhuǎn)染效率較高，這可能是因為它與DNA的結(jié)合較牢固。
連接鏈的長度能影響陽離子納米脂質(zhì)體與粘膜表面的相互作用，從而影響轉(zhuǎn)染活力。一般來說，帶有長連接鏈的陽離子納米脂質(zhì)體能明顯增強與粘膜表面的相互作用，轉(zhuǎn)染效率高。
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